地方上，督撫同城卻互不隸屬，往往明爭暗鬥，爲有志之士詬病已久。因此，肅順建議，凡是督撫同城，只保留總督，裁撤巡撫。
除中華帝國佔有的南方各省外，滿清治下尚有四川、湖北、雲南、甘肅四省督撫同城。尤其是四川，既有巡撫，又有總督，而四川總督僅轄四川一省，與巡撫完全重合。
此番改革後，將裁撤四川巡撫、湖北巡撫、雲南巡撫、甘肅巡撫四個大員。巡撫衙門下屬的官僚，也將全部裁撤。
這是一番非常大的變動，咸豐頗有憂慮，問肅順道：“一下子裁撤四個封疆大吏，會不會影響人心士氣？”
肅順非常坦率地回答道：“短時間內會有，但從長遠看，這是一件利國利民的好事。奴才建議在邊疆設置行省，安置這些被裁的官吏。
“具體來說，就是在西北、蒙古、青海、東北設置行省。西北設置一巡撫，青海設置一巡撫，蒙古設置一總督，東北設置一總督、兩巡撫。”
在邊疆地區設置行省，徐繼畬的奏摺裏已有提及，百官亦多響應。咸豐也很動心，和肅順一起走到一幅巨幅地圖前，詳細研究起設置邊疆行省問題。
清代對邊疆的控制頗爲有力，尤其是蒙古、新疆、西藏，歷來不服中原王朝的統治，卻在清朝投入了中原王朝的懷抱。
境隨時遷，隨着西方列強的滲透、南方菁華地區的淪陷，滿清必須加強對邊疆的控制。最有效的措施，莫過於在邊疆設置行省，實行與內地相同的府、廳、州、縣體制。
新疆原本分爲兩部，即天山北路的準部、天山南路的回部，由伊犁將軍統帶。其中，蒙古遊牧地區實行盟旗制；維吾爾、布魯特、塔吉克等族實行伯剋制（類似於西南地區的土司制度）。
在這種管理制度下，新疆軍政不分，回部各族不斷反叛，而俄國、英國、浩罕國又不斷滲透新疆。時至今日，伊犁將軍只管軍政不理民事的軍府制，已經行不通了。
咸豐君臣一致決定設立新疆省，省會爲烏魯木齊，設巡撫一員，受陝甘總督節制。伊犁仍設將軍，統管伊犁、塔城兩處邊防，不再總統全疆軍務；塔城增設副都統一員，主司塔城邊防。
清代青海大致以黃河爲界，分爲青海蒙古和玉樹等四十族土司。黃河以北主要爲蒙古人，有和碩特、輝特、綽羅斯（準噶爾）、土爾扈特、喀爾喀五大部落。
雍正時期，編青海蒙古爲二十七旗，後增至二十九旗，由西寧辦事大臣主持會盟。黃河以南主要爲藏人，設有四十個土司，其中以玉樹土司最大，故稱玉樹等四十族土司。
青海地處回、藏之間，地理位置絕佳，足以鉗制回、藏。正因爲如此，青海設省理所應當。特設巡撫一名，由西寧辦事大臣改任，同樣推行郡縣制。
西藏在清代分爲衛、喀木（康）、藏、阿裏四部，以及霍爾三十九族地區。地方最高行政長官爲駐藏大臣，駐拉薩，會同**喇嘛、班禪額爾德尼辦理藏內政務，其政令由噶廈（西藏官府）執行。
那曲、昌都地區北部的各部落統稱霍爾三十九族，簡稱三十九族，爲蒙古人後裔，由駐藏大臣的屬員夷情章京管轄。
西藏地位特殊，暫不設置行省，仍由駐藏大臣辦理政務。其中，涉外、邊防事務，權力仍歸清廷。
有清一代，蒙古是滿人的重要盟友，在明清戰爭中發揮了重要作用。蒙古各部參照滿洲八旗，劃分爲蒙古八旗，受到清廷的優待，對清朝頗爲忠心。
蒙古分爲內屬蒙古與外藩蒙古。
內屬蒙古包括察哈爾、歸化城土默特、唐努烏梁海、阿爾泰烏梁海等部，各旗由朝廷派遣官員（一般爲總管）治理，與內地的州、縣無異。
外藩蒙古各旗則由當地的世襲扎薩克管理，處於半自治狀態。在外藩蒙古，以若幹旗合爲一盟，設正、副盟長，掌管會盟事宜，對各旗札薩克進行監管。
清朝歷來都很重視蒙古，長期與蒙古聯姻，得到蒙古的效忠。在平定準噶爾部落的反叛後，蒙古各部已經絕意反叛。乾隆時期，土爾扈特部落跋涉萬里，從沙俄東歸中國，受到清朝的禮遇。
鑑於這種緊密的聯盟關係，咸豐決定繼續保持蒙古的特殊地位，不在蒙古設置行省。
東北是清朝龍興之地，清廷實行封禁政策，禁止漢人出關移民墾殖。關外爲皇家禁地，自成體系。
一方面是八旗駐防系統，以盛京爲陪都，設盛京將軍爲最高軍政長官，置戶、禮、兵、刑、工五部，各設侍郎主持，並在吉林、黑龍江設駐防將軍。將軍之下，設專城副都統分駐各城，並管理各城的臨近地區。
另一方面是州縣民政系統，設奉天府尹，管轄八旗駐防以外的州縣民官。在東北原有漢民聚居之處，置府、州、縣、廳，如同內地。
這種管理體制相當粗放。清朝失去南方各省後，亟須開發東北。
因此，肅順建議，在東北設置奉天、吉林、黑龍江三個行省，設東三省總督一員、吉林巡撫一員、黑龍江巡撫一員。
肅順特別提到：“東北官制混亂，卻也有意想不到的收穫。盛京官制特殊，既有六部，又有將軍，彼此不相統屬。官庫分散，度支出納並無專官。因此，東北究竟有多少公款，誰也不知道，誰也不清楚。
“奴才認爲，東北地大物博，物產豐富，與朝鮮、俄國商貿常有往來，一定蓄積豐富。爲此，奴纔派人祕密訪查東北各官庫，此事皇上應該記得。
“如今，一年下來，訪查已有結果。東北官庫蓄積豐富，出乎想象，總數不下一千萬之多。僅奉天一地，銀錢貨殖就有五百萬之多。
“有這麼多錢，足以辦成許多大事。北洋衙門的經費、湘軍的軍餉，暫時也都有了着落。”
咸豐大爲興奮，說道：“肅六，你這個戶部尚書真行，既能清查戶部弊案，又能籌集錢糧。朕沒有看錯你，明日朕就下旨，升你做協辦大學士。”
肅順也不謙讓，說道：“謝皇上恩典。奴才爲皇上辦差，並不圖升官發財。但做了大學士，奴纔可以更好的爲皇上辦差。”
這話說得十分誠懇，絲毫不顯做作，令咸豐深感滿意。
肅順再接再厲，建議廢止滿漢、蒙漢不得通婚的禁令，鼓勵內地漢人到邊疆地區開荒。咸豐均一一採納。